המחלוקות במועצת יש״ע בפרט ובהתיישבות ובימין בכלל ממשיכות להתעצם, לנוכח תאריך היעד המתקרב של עסקת המאה. ראש הממשלה הגדיר תאריך יעד לתחילת יישום התוכנית או תחילת דיונים אלה את הראשון ביולי.
התוכנית מראשיתה פיצלה את מועצת יש״ע בפרט וההתיישבות בכלל, עוד מליל פרסומה. אז הוציאה מועצת יש״ע הודעה חריפה כנגד התוכנית בהובלתו של ראש מועצת יש״ע דוד אלחייני. אך לא כולם יישרו קו עם האחרון. לאחרונה, שמונה ראשי מועצות ברחבי יהודה ושומרון הודיעו שהם תומכים בתוכנית וראש עיריית אריאל אף פרש מהמועצה.
יושב ראש מועצת שומרון יוסי דגן, הנחשב חזק בליכוד התראיין בגלצ והביע את חששו: "יש חשש שבמסגרת השיח עם האמריקנים על הריבונות, יכניסו שתי סוכריות מורעלות לישראל – מדינת טרור שצופה על תל אביב, והפקרת עשרות אלפי אזרחים ביהודה ושומרון. לא ניתן להפוך יישובים לנצרים 2".
יושב ראש מועצת אפרת עודד רביבי, המחזיק בתיק החוץ במועצת יש״ע דווקא משמיע קול אחר לגמרי, בראיון שנערך איתו בגל"צ הוא משמיע קו שונה לחלוטין מעמדתם של אחרים בהתיישבות. "חובתנו למצוא את הנוסחה כדי שיהיה פה שלום ושלא נצטרך ללכת ללוויות. דמרי מחפש את כל הדרכים כדי להימנע מהידברות עם שכנינו. האמריקנים השיתו תנאים נוקשים על הפלסטינים, שגם אם יסכימו להם – אין לנו מה להפסיד" הסביר רביבי.
לעומתו השמיע ראש המועצת האזורית חברון יוחאי דמרי דבריו שונים לגמרי בגל"צ והביע את התנגדתו: "פירוש המפה האמריקנית הוא התנתקות שקטה, ניוון בחלקים נרחבים בהתיישבות והקמת מדינה פלסטינית. צריכים להחיל ריבונות ולא לתת כלום בתמורה"
תוכנית המאה מדברת על הסכמה להקמת מדינה פלסטינית על 70% משטחי יהודה ושומרון והחלת ריבונות ישראלית על 30% מהשטח לרבות יישובים. במפת התוכנית נשארו חמשה עשר יישובים שמוגדרים ״מובלעות״. יישובים שהגישה אליהם תעבור רק דרך המדינה הפלסטינית. הקמת המדינה הפלסטינית כרוכה בתנאים רבים לרבות פרוק החמאס מנשקו, הכרה בישראל כמדינה יהודית, הכרה בירושלים כבירת ישראל ועוד מספר תנאים.
רביבי, ראש המועצה המקומית אפרת ומיוזמי המכתב בעד עסקת המאה כתב כי: "תוכנית טראמפ היא תעודת ביטוח לקיים, מי שלא יידע לאמץ אותה מסכן את העתיד" כך צוטט בערוץ 7.